实验一：探究共培养条件分泌组是否有变化即细胞A和细胞B在共培养条件下其各自分泌组是否受到影响（暂且不讨论谁对谁的影响）。
设计实验：
1.使用Transwell培养技术，上层培养细胞A（细胞数设置为1*10^5个 <举例>）下层培养细胞B（细胞数设置为2*10^5个 <举例>）共培养h小时，从培养液中提取分泌蛋白（记为蛋白ⅰ）。
Transwell 1
2.相同培养条件 （培养基含量，细胞数，培养时间，温度等）设置两个Transwell：⑴上层培养细胞A（细胞数设置为1*10^5个 <举例>）下层不放置细胞，⑵上层不放置细胞，下层培养细胞B（细胞数设置为2*10^5个 <举例>），培养h小时，从培养液中提取分泌蛋白（记为蛋白ⅱ）。
Transwell 2-⑴ Transwell 2-⑵
3.质谱分析蛋白ⅰ和蛋白ⅱ的差别，初步分析共培养条件下分泌组是否影响。
4.置换细胞A ，细胞B培养的上下层条件，相同方法培养细胞，打质谱分析蛋白，分析结果是否与实验一有差别，进一步分析原因。
总结：该方法尽可能的同一了共培养和单独培养的差异，即排除了其他影响条件，只对比在共培养和单独培养条件下分泌组的变化 ，从而为得到可信数据提供了条件，对照分析了在共培养条件下与单独培养条件下分泌组的变化情况。缺点：由于细胞均未标记，即便结果显示共培养和单独培养分泌组确实有变化，仍无法得出两种细胞谁影响谁，由此，可利用标记培养基的方法，继续优化实验。
实验二：优化设计，将单独培养的细胞A培养基用Leud-d
3 标记，细胞B用Lys-C
13 标记，而对共同培养的Transwell不做任何标记。如图所示：
Transwell 1
Transwell 2-⑴ Transwell 2-⑵
同实验一，经过相同条件的培养，提取分泌组，质谱分析（另做A B细胞上下层交换的实验），对比单独培养并分别标记与共培养但不标记条件下分泌组的变化，从而得到两种细胞在共培养条件下是否影响彼此分泌组的变化，并且可以得出是谁影响谁，还是两种细胞都有影响。
