在培养箱中保持恒温对培养细胞的健康和生长至关重要。选择中小型CO2培养箱时，有两个主要的加热选项要考虑：水套式和辐射壁式。尽管两个加热系统都是准确可靠的，但它们各有优缺点。
带水套的培养箱通过在单独的隔间中用热水包围内室来保持温度。水被加热并通过自然对流在内部腔室中循环。来自水的热量散发到内部，使内部温度保持恒定。水是一种特别有效的jue缘体，在断电的情况下，水套系统被认为是一种更可靠的加热方法。在停电后，装有水套的培养箱将恒温箱内的设定温度保持为辐射壁单元的4-5倍。
辐射壁培养箱使用安装在周围空腔中的加热器加热内部腔室，该加热器将热量散发到内部腔室。辐射壁加热系统可在打开门或更改温度设置后更快恢复温度。对于用户而言，辐射壁加热系统也更加简化，不需要在水套中注水，监控和排空水。
风扇可以安装在培养区域的外部，以帮助循环室内的空气而不会干扰培养。轻柔的循环加快了内部温度以及 门打开后的CO2和湿度水平的恢复。
干燥会导致文化损失。重要的是要在室内保持足够的水分，以防止培养物变干。大型CO2培养箱可以使用蒸汽发生器或雾化器来控制相对湿度水平，但是大多数中小型培养箱都使用湿度盘通过蒸发产生湿度。湿度盘产生的相对湿度在95-98％之间。一些培养箱有一个湿度储存器，可以将水保持在加热的锅中。这增加了蒸发。湿度存储器可以将相对湿度水平提高到97-98％，但是该系统更加复杂，并且由于组件数量的增加而可能出现问题，并且这些单元可能易于内部“出汗”。
污染是细胞培养中产生挫败感的主要原因。CO2培养箱的制造商已经找到了解决污染的方法。通过减少微生物可以生长的区域或表面并结合自动净化循环，制造商可以帮助研究人员防止污染。许多制造商还在CO2培养箱中提供了HEPA过滤器，以减少培养周期中的污染。带有铜架子和固定装置的衬铜腔室还可以减少真菌的生长和其他污染物。可移动的搁板和无缝隙的内部空间或拉制的内部腔室中的凹角减少了污染物开始生长的区域。使用消毒剂也更容易达到表面积。一些CO2保温箱还具有自动消毒循环，可在两个保温循环之间对内部腔室进行消毒。通过将内部温度升高到90 o C数小时来进行自动去污，从而杀死污染的微生物。与HEPA过滤器结合使用的自动净化循环可大大减少污染。
