除了定期清洁和消毒外，培养箱通常只需要很少的维护。每六个月至一年更换一次HEPA过滤器（参见图2），具体取决于用户数量，设备的清洁度以及实验室和培养箱的设计。
只能通过外壳操作HEPA过滤器，而不接触过滤介质。在CO2培养箱中更换HEPA过滤器之前，请检查培养基，以确保没有破裂或撕裂。HEPA过滤器应位于培养箱中以实现zui佳功能，并且无需使用工具即可轻松更换。每六个月至一年更换一次进气过滤器（CO 2气体进入培养箱的地方）。
应使用CO 2分析仪或手持式传感器（请参见图3）定期监测CO 2校准，每月一次至每季度一次，具体取决于进出培养箱的流量。
加热灭菌周期的运行频率取决于实验室的清洁度，使用保育箱的人数，开门的频率以及隔夜关闭保育箱的方便程度。大多数用户从每月一次到每六个月一次使用此功能。
对于培养箱的维护，zui重要的也许是在水盘中保持高水位。湿度下降导致水从培养基中蒸发。当水蒸发时，生长培养基中精心平衡的盐，矿物质，氨基酸等会变得太浓，从而导致毒性和细胞死亡。3低湿度也会损坏CO 2传感器。
